Nogle år efter "Dawn of the Planet of the Apes" har de intelligente aber slået sig ned langt inde i skoven. Men de bliver jagtet af elitesoldater fra en base i skovbrynet, som ledes af en fanatisk oberst, der mener, han kan redde menneskeheden ved at udrydde aberne.
Den nye "Abernes planet"-serie fortsætter med Matt Reeves i instruktørstolen i en film, der byder på mere af det samme, men også foretager et lille skift i perspektiv. Hvor de to første film i høj grad havde relationer mellem mennesker og aber som samlingspunkt for deres plot, er de to arter denne gang langt mere adskilte. De har for alvor taget skridtet ud i krig, som titlen fortæller.
Det betyder, at det nu er abernes del af plottet, som driver fortællingen, stadig med fokus på deres leder, Caesar. Filmen starter med ...